Вјерује се да су гомионички монаси били принуђени да, услед немира и одмазди изазваних аустријско-турским ратом, избјегну чак у манастир Ходош (у Банату) и тамо склоне манастирске драгоцјености. Које године се то десило и да ли је манастир у последњој деценији 17. и првој деценији 18. вијека потпуно запустио није могуће прецизно утврдити. Из забиљешке начињене 1714. године у једном рукопису сазнајемо да се до те године гомионичко братство вратило из избјеглиштва у свој манастир.  
1111
 
 
Од 1714. године па до пред крај четврте деценије 18. вијека у Гомионици је, изгледа, текао редован манастирски живот. Нови рат 1737. године је приморао калуђере да, предвођени игуманом Пахомијем Кнежевићем, поново напусте Гомионицу и, носећи вриједности из манастирске ризнице, потраже привремено уточиште у мирнијим крајевима на сјеверу. Добили су 1738. године дозволу да се населе у запустјели манастир Пакру, али им тада то нису допустили власници овог славонског манастира.
 
а
 
  Тек 1743. године гомионички монаси су добили Пакру и њено имање у трајан посјед, након пет година лутања и избјеглиштва. Манастир Гомионица је, касније, страдао у другом свјетском рату. Игумана Серафима Штркића су убиле усташе. У децембру исте године Нијемци су бомбардовали манастир, оштетивши тешко спрат конака и манастирску школу. На цркви су том приликом напрсли сводови и лукови у тјеменима. Послије рата Гомионица је претворена у женски манастир.  
11
 
ГОМИОНИЦА, 2010.