1747. године, како саопштава Никодим, аутор записа у рукописним гомионичким Бесједама светих отаца, у вријеме игумана Серафима, обновљена је и прекривена манастирска црква. Како се из записа сазнаје да су послови око обнове трајали од 26. августа до 21. октобра то би се могло претпоставити да су извршени радови били невеликог обима. Још три записа говоре о обнови 1747. године-један у рукописном Јевађељу и два у Гомионичком рукописном Псалтиру.  
1111
 
 
Још једна биљешка на парчету отцијепљеног листа, датована у 1770. годину, говори о поновној обнови Гомионице, која је започета 1769. године, а завршена 15. септембра исте или наредне године, што није јасно. Овај податак је усамљен и не обавјештава нас о узроку и обиму обнове. Свјеже народно предање наводи да је манастир запаљен и опустио у вријеме првог српског устанка, па је доцније поправљен , покривен и ограђен зидом.
 
а
 
  Црква је 1898. године омалтерисана и уз њу је дозидан висок звоник. Стари кров је замијењен бакреним плочама 1927. године. Манастир Гомионица је 1953. проглашен спомеником културе, а санације су вршене 1971-1976. године након земљотреса из 1969. који је проширио постојећа оштећења на цркви. Тада је конзервиран и оградни зид манастирске порте. Конструктивна санација храма и даља истраживања и рестаурација старог живописа извршени су 1994-1997. године.  
11